Jemaat Hokimtong Ambon sebagai salah satu jemaat khusus di bawah Gereja Protestan Maluku (GPM) mengadakan agenda tahunan berupa Sidang Jemaat dan sampai pada saat ini Hokimtong Ambon sudah melakukan persidangan jemaat yang ke 25. Sidang jemaat berfungsi sebagai lembaga pengambilan keputusan tertinggi di tingkat jemaat dan diadakan sekali dalam setahun.
Sidang jemaat bertugas untuk membahas dan menetapkan rencana strategis pelayanan, mengevaluasi laporang pertanggung jawaban, mengevaluasi dan menetapkan program-program pelayanan, mengevaluasi dan menetapkan anggaran dan menyelesaikan masalah-masalah jemaat.
Sidang Jemaat Hoktimtong Ambon ke 25 dilaksanakan pada hari Minggu 02 April 2022 dengan Tema: Beritakanlah Tahun Rahmat Tuhan Telang Datang dan Kerjakanlah Keselamatanmu. Sub Tema: Bersama-sama meningkatkan kualitas hidup sebagai wujud bertumbuhnya keluarga Allah.
Sidang Jemaat dibuka oleh (Majelis Pekerja Klasis) MPK Kota Ambon Prof Nus Sapteno. Sidang Jemaat berjalan dengan baik dan berakhir pada jam 20.60 WIT ditutup oleh Pdt Nathan Siwalette.
Hasil sidang jemaat menetapkan kegiatan-kegiatan yang akan dilaksanakan oleh bidang-bidang yaitu Pengembangan Teologi dan Pembinaan Umat (PTPU) sebanyak 50 kegiatan, Pekabaran Injil dan Pelayanan Kasih (PIPK) sebanyak 14 kegiatan, Pengembangan Oikumene Semesta (POS) sebanyak 6 kegiatan, sedangkan Penataan dan Pengembangan Kelembagaan (PPK) sebanyak 18 kegiatan sehingga total menjadi 88 kegiatan. Anggaran Pendapatan dan Belanja Jemaat Hokimtong Ambon tahun 2024 yang ditetapkan pada sidang ini sebesar Rp. 2.323.696.882,27.
