Pada tahun 1930-an, jemaat Hok Im Tong belum memiliki sebuah gedung ibadah yang permanen. Ibadah masih dilakukan secara bergiliran dari rumah ke rumah. Pada tahun 1931, anggota-anggota jemaat terus bertambah jumlahnya, maka diperlukan sebuah tempat ibadah yang tetap, karena itu disewakan sebuah rumah dari Keluarga Nyio Kie Tjing, di jalan Kampung Cina (Jl. A. Y. Patty, dekat dengan PUSKUD sekarang) sebagai tempat Ibadah. Pada tahun 1932, kegiatan ibadah berpindah dari rumah ke rumah yang lain, milik Tan Kie (di depan toko Ambon dulu) dan seterusnya berpindah-pindah, sebelum didirikan sebuah gedung gereja yang permanen.
Pada tahun 1947 dibangun sebuah rumah beratap rumbia oleh bapak Liem Tjong Kie sebagai tempat ibadah (terletak di belakang rumah makan Halim sekarang). Rumah Ibadah ini terbakar pada tahun 1950 (peristiwa RMS).
Pada Tahun 1950-1955 digunakan rumah/gudang milik bapak Liem Tjong Kie yang dikenal nama “Rumah Bundar” (terletak di belakang Kantor Wali Kota Ambon sekarang) sebagai tempat ibadah.
Pada Tahun 1955, Bpk. Liem Tjong Kie membangun sebuah gedung Gereja permanen dan sebuah pastori di jalan Anthonie Rhebok yang diresmikan pada 25 Desember 1955 sebagai tempat ibadah bagi jemaat Hok Im Tong. Sebenarnya bahan-bahan untuk pembangunan gedung gereja ini sudah disiapkan sejak tahun 1949, tetapi bahan-bahan itu musnah terbakar akibat perang. Namun, dengan tekad dan semangatnya, pada akhirnya Bpk Liem berhasil membangun sebuah gedung Gereja permanen dan pastorinya. Sebelum itu pada tahun 1948 Bpk Liem Tjong Kie dan ibu Lien Liem juga telah membangun gedung gereja bagi jemaat Hok Im Tong di Saparua dan di Dobo.
Pada 31 Maret 1975 dibongkar gedung gereja di jalan Anthonie Rebhok dan dengan bantuan dana dari seorang anggota jemaat, Bpk Hengky Theodorus, dibangun sebuah gedung gereja yang baru yang diresmikan pada 2 April 1977. Gedung gereja ini juga pernah ditambah/diperluas atas bantuan seorang anggota jemaat, Bpk Jhony Sucahya pada tahun 1980-an dan kemudian dengan sumbangan jemaat dibangun sebuah gedung serbaguna dan dua buah pastori di Jln. Setia Budi, Ambon. Gedung Serbaguna inilah yang dijadikan gedung Ibadah jemaat Bethlehem sejak konflik sosial tahun 1999 hingga tahun 2008.
Pada 8 September 2003 dibongkar gedung gereja yang diresmikan pada tahun 1977 dan didirikan sebuah gedung gereja baru yang ditandai dengan peletakkan batu pertama pada tanggal 2 Februari 2004. Gedung gereja yang baru ini didirikan atas partisipasi seluruh anggota jemaat khusus GPM Bethlehem, dan diresmikan pada tanggal 3 Agustus 2008.
Pada saat pandemi Covid-19 yaitu tahun 2000-2022 dilakukan renovasi gedung gereja kembali dan penambahan lift yang diperuntukan bagi jemaat usia lanjut yang terbatas secara fisik dalam mengikuti ibadah pada ruang Ibadah utama lantai 2 dan 3.
